vignettes中文翻译,vignettes是什么意思,vignettes发音、用法及例句

1、vignettes

vignettes发音

英：　　美：

vignettes中文意思翻译

常用释义：小插曲

v.用花饰装饰；使渐次变淡（vignette的第三人称单数）

n.小插曲；小片断（vignette的复数形式）

vignettes双语使用场景

1、Friends paint me vignettes of the past few days.───朋友们向我描述了过去几天里的点滴见闻。

2、"I generally write little vignettes about daily occurrences I'd like to remember, " she said.───“我一般习惯写点东西记下每天难忘的事，”她说。

3、Mr Ramo's book is full of engaging vignettes like this.───先生的新书博引旁征这番引人入胜的奇闻逸事。

4、Depending on your community preference you can upload vlogs, short films and vignettes.───你可以上传视频播客内容，**短片和广告，这取决于你的社区偏好设置。

5、It also uses readings, vignettes, animation and interactive exercises to help patients deal with factors that interfere with sleep.───它还使用阅读，小品文，动画片和互动练习帮助病人处理干扰睡眠的因素。

6、Literally, take a moment to stop, look around and appreciate the little vignettes of beauty no matter where you are.───无论你在何处，请停下片刻，环顾四周，欣赏美丽别致的风景。

7、And one of the book's best vignettes occurs on the fourth-to-last page, when Meyer reflects on what he misses about Beijing when he's away.───这本书最精彩的部分是在小说第四章最后一页，在那里梅耶叙述了想到自己离开北京时的无限眷念之情。

8、We see a sequence of vignettes over the next few days, of Josh and Zuleika together, in the village and the forest.───我们看见一系列在接下来几天发生的事---Jake和Neytiri在一起（场景有村庄，森林）。

9、However, despite material that is rich in both vignettes and interviews, Mr Ricks's book comes as something of a disappointment.───瑞克斯的著作中尽管有丰富的小插曲和访谈，但仍然令人多少有些失望；

vignettes相似词语短语

1、avignon france singing nuns───阿维尼翁法国歌唱修女

2、avignon───n.[纺]阿维尼昂绸

3、stamped travel vignette───印花旅行小插曲

4、avignon table lamp───阿维尼翁台灯

5、avignon papacy───阿维尼翁教皇

6、avignon river───阿维尼翁河

7、sauvignon blanc───白苏维浓（一种白葡萄酒，又名长相思）；白索维农葡萄； （加利福尼亚）白索维农酒

8、rose de vigne───藤蔓玫瑰

9、avignon france───法国阿维尼翁

10、carbinet sauvignon───卡宾尼苏维翁

2、2022-07-11 （6）

回顾：上周工作中，算是找到了组间特异的Gene usage，但聚类不成功，解决方向是提取出组内特异的CDR3序列，进行聚类，若还是不成功，也许能聚类CDR3上特异的有规律片段。

多样性因为结果不理想先暂时放一下。

设想是，如果核酸和氨基酸序列聚类不了，是不是可以找到序列在其他方面的相似性，总之就是找到每组特异的部分，所以分析的方向还有“氨基酸频率、氨基酸偏好、motif、VJ配对”

本周工作安排

1、motif

2、注释（用immunarch+VDJtools抗原预测）

3、找高频CDR3

4、氨基酸序列图

这部分是将找到的kmers（motif），根据特定的长度，列出每个相同长度的motif在每个样本中的count，由于一开始我设想CDR3的长度是15-25，所以设置了k=15、17、19、21、23、25，但由于发现找不到长度为24和25的motif，故删去。

然后发现一组的数据量太大跑不起来，故每组分为两部分。AC1代表AC组第一部分，AC2代表AC组第二部分，以此类推。为了简洁此笔记只放同组的第一部分，因第二部分图片与第一部分结果类似。

可以看到这时当k=15时序列出现次数最多在60多。

当k=17时count数最多在15，大多在5以下。

当k=19、21、23时，count都在1-2。

当BL的k=15时，count最多在30多。后面的情况与AC类似，当k越大，count在1-2。

我觉得15之后越来越大，并不是在15-25之间正态分布，所以试着在15往前推。

当k=14时，最高到了80。

当k=14时，最高到了快200。

当k=14时，到了快200的更多了。

后续运行的时间更长，说明出现的kmers更多，我觉得这样不对，这部分是找motif，而不是CDR3序列，所以越短越多。故先不找motif，把注意放在CDR3。

老师的想法是合成一个样本来注释。那就找拼接矩阵的方法

但是我用求和的方式是不是能达到同样的目的：

以及用VDJtools的时候能得到抗原信息，如CMV的抗原。immunarch包的注释是cdr3信息。

找高频CDR3，我的想法还是用pr.aav这个表格，运行不出的原因是因为计算量太大，假设一个样本有8万行，一组样本就是800万行，故再根据count数>10进行过滤掉近80%的数据。

用immunarch包的命令“pubRep”得到所有样本共享的CDR3序列，得到的表格会根据此CDR3序列在样本中出现的次数由高到低排列，那在表格靠前的就是筛选出的高频CDR3序列

但是我得到的表格，前58行CDR3.aa是NA，只有V.name信息，后面开始基本都有CDR3.aa信息，我的理解是，一些V基因单独使用的更频繁，之后才是V和CDR3一起使用，所以表格的NA是正常的。和两位老师交流过认为没有问题，可以直接使用之后的CDR3序列。

然后有关将CDR3序列聚类，在immunarch包中对公共克隆型聚类用upset图，导师的意思是将同组样本合一，若将一组的100个样本合一导致数据量太大，可以合成5-10个小群体。以此做下图会美观。

下面的弦图，也是同样的思路将同组样本合一，看共享的情况如何。

之前注释得到的表格，第一列是CDR3信息，不是抗原预测的表格，可以利用此序列信息在四组中做韦恩图看交集情况。

在共享的克隆型、pr表格中，我认为Sample这一列，96%的数据是“1”，也就是说此序列在样本中只出现了一次，我理解为是独特的克隆，而不是共享的克隆呢，故再命令： pr.aav =10的序列，这样又在原来的第一次过滤（滤去90%）的基础上过滤了90%的数据，才得到了共享序列的表格，但是我用第二次过滤得到的数据做独特克隆型数目的图来验证这批数据是否“有效”（即保留下代表每组特异信息的主要序列），差异较小（p=0.02），导师认为p小于0.05还是有意义，所以我想设置count＞=3，这样会过滤大部分数据，保留更多的组间差异，同时也能让pubRep跑起来。

老师认为由于我筛选的是TCR的扩增数（count），所以在寻找病人间相同的TCR（新冠特异性TCR时），要将count作为权重考虑进去。

老师的意思是将每组内所以样本合为一组做氨基酸序列图。我想，将样本合并的话，同时相同的序列也要合并，count数再相加，这样的意思不就是公共克隆型在做的事吗。但是做序列图的话由于缩放代表出现的频率，如果用公共克隆型的表格，不能显示出序列的扩增数。

所以如何设置序列的权重是一个问题，将所有序列合并必须考虑到序列权重，不能将pub表格作为样本导入。也不好把pub改成vdjtools格式。有了每组的代表性数据后，还可以做一些overlap。

看了一下AC组count10的文件总共是59Mb，AC组count3的文件总共是345Mb，未过滤的vdjtools一个样本就有200多Mb，所以我认为可以把每组count3的所有文件合为2个样本，也能顺利导入R，这样每组两个样本，一共6个样本。

找循环拼接表格的方式

再将得到的csv转为tsv，再用xls的筛选功能，根据count数降序。

做出来的图感觉自己都解释不清楚。。不知道能不能这样合并表格。

把健康人的数据也同样处理后合并。但差异依旧“不太合理”。

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